Når du sætter en flagermuskasse op, får de læ og tryghed, når de ikke er ude. Dermed kan de hvile sig i din kasse til flagermus, så de er friske til at jage myg og andre dyr om natten. Når du sætter en flagermuskasse op, er det vigtigt at sørge for, at der ikke er kunstig belysning eller trafik tæt på kassen, fordi flagermus er nataktive og foretrækker mørke og stilhed.